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在这之后，祝庆村继续开始发展起来，马加木成为拉苯博士的学生，并为宝可梦的研究事业奉献一生。
而他的后代，更是成为神奥地区研究宝可梦进化学权威的山梨博士。
马加木的心腹石月，在结束银河队的使命后，思考了之前莉莉艾提供的建议，去了丰缘地区找到一处带有青草气息的风吹高原养老。
在他和一些路上新认识，同样来这里养老的朋友建设下，那里发展成为了后来着名的疗养小镇，绿茵镇。
金刚队与珍珠队，在未来刚石和珠贝两人成为训练家，并成功在小照的见证下喜结连理后，终于结束了千年之久的恩怨，并就此解散。
后金刚聚落因隔壁立志湖发大水被淹没，便在刚石的建议下转移去了纯白冻土，与珍珠聚落合并，发展成了未来的雪峰市。
而珠贝也遵守了在天冠山的约定，让后代们继续守护雪峰神殿，以及守护在这其中沉睡雷吉奇卡斯。
不过两边都还是有些人，并不满意持续千年的恩怨就这样结束，于是离开了洗翠地区前往了丰缘地区，由他们的后代组建成了熔岩队和海洋队，但这些都是百年后的事了……
银河队在新任首领星月的带领下，将宝可梦和人类和谐相处的目标放在首位，并大力建设祝庆村以及洗翠……神奥地区那些人类居住地。
那些来自未来的旅行者虽然已经消失，但留下的东西却依旧还在帮助着银河队，莉莉艾最早收服的三只大牙狸全部放生，并进化为了大尾狸，协助建筑组的扩建工作。
在几个月前，由于莉莉艾用自己一些医疗知识在医疗组提供帮忙，并提出可以让宝可梦协助，比如对人友善的吉利蛋，还有能用毒制作不少解毒药的不良蛙。
组长杵儿很认真地接受并采纳了建议，委托小照去帮忙找到了吉利蛋和不良蛙，这番决定让未来神奥以及周边关都城都丰缘等地区，吉利蛋都成为了医院护士标配。
而建造组组长桃发，因忙于想要拆散孙女芸梨和孙女婿晓白，无暇顾及建造组的事，交给部下铁翰担任代理组长来打理，而在星野和莉莉艾的沟通劝阻下，总算是让他认可晓白，不再阻拦两人相爱，这事尘埃落定。
晓白与芸梨的后人，是现代银河队的天才科学家冥王，研究出了洛托姆潜入电器变身的原理并发表论文。
后来卡洛斯地区密阿雷市道馆训练家的希特隆，通过他的论文研究发明了洛托姆图鉴，而在此基础上，由帕底亚地区妮莫的父亲扩展研究，最终发明了手机洛托姆并成立公司。
小光和莉莉艾因对初代精灵球制作工艺好奇，便在铁翰那里研究过一段时间，并协助对方利用其他树果矿石，制造了一些新种类的精灵球。
而在多年以后，铁翰的后人钢铁依靠制作柑果球在城都地区桧皮镇出名，他的儿子加入西尔佛公司，参与并制造了现代的精灵球与大师球。
明辉为农耕组提议了让土台龟，烈焰猴以及帝王拿波来协助种田，以至于百年后草苗龟，小火猴以及波加曼，成为了神奥地区新人御三家。
竹兰和青绿都在警卫组给组长贝里拉，提供了不少对战方面的建议，大大提升了警卫组的实力。
不过由于某人在祝庆村飙车瞎跑，让贝里拉禁止了在村内宝可梦骑乘，这条规定一直影响到了后面的神奥地区，禁止在城镇内骑乘宝可梦。
而据说除了阿罗拉以及帕底亚外的所有地区，之所以禁止城镇骑乘宝可梦，就是完成任务回家的一些银河队成员，将这条规定带回去的……
当这个时代很多人，都忘记这些来自未来的穿越者后，有关他们的痕迹也被某人渐渐抹除。
而小照是永远都不会忘记这些朋友的，她背负着这些朋友对她的祝福，在一切准备完成后，于神奥神殿和望罗展开了最后的对决。
至于结果无从得知，她是否真的见到并挑战了神奥大尊也没人知晓。
只是很多年后，有位不清楚身份的男人，在因海啸淹没的祝庆村遗址上，所新建立的水脉市内，出钱建造了一座神奥地区最大的图书馆，并将所有自己写的书塞满其中。
里面纪录了许多传说故事内容，包括一些神话传说，其中一本书上甚至隐晦纪录了一只拥有所有属性的神话宝可梦，而这本书在后来被以太基金会参考，并制造了属性：空……
银河队在大家的共同努力下，开创了这个新时代，而银河队的名字来源，是因为从世界各地汇聚而来的众人，他们才华与能力就像银河一般宛若繁星，故才将队名定为“银河”！
这璀璨星光，会在黑夜中闪耀在世界各地，成为照亮这世间所有人，走向一个新时代的光芒！
……
也不知过去多久，仿佛感受到有强光照耀，星野轻嗯一声，缓缓睁开眼睛，并没有之前穿越时那样迷迷湖湖，此刻他反倒非常清醒。
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